Мир сотрясается от внезапной ярости Годзиллы, который без видимых причин громит промышленный сектор в Пенсаколе, нарушив многолетнее перемирие с человечеством. В это время на острове Черепа гигантская обезьяна томится в высокотехнологичной клетке, имитирующей джунгли, и со скуки крушит фальшивое небо деревьями-снарядами. Чтобы остановить хаос на поверхности, ученые решают использовать Конга как проводника к источнику первородной силы в недрах планеты. Путь через океан превращается в катастрофу, когда Годзилла атакует конвой. На палубе авианосца разворачивается бойня, где у скованного цепями Конга почти нет шансов против хозяина глубин. Единственным способом выжить становится имитация поражения: люди глушат моторы, а маленькая Джия через язык жестов помогает измотанному титану прийти в себя после сокрушительного столкновения.
Добравшись до ледяных пустот Антарктиды, экспедиция проваливается в аномальную зону Пустой Земли, где законы физики вывернуты наизнанку, а небо и земля меняются местами. Пока Конг в заброшенном тронном зале своих предков обретает древнее оружие, Годзилла буквально прожигает планету насквозь своим дыханием, требуя реванша. Финальный раунд в неоновых декорациях Гонконга превращается в дикую схватку на выживание, где древняя вражда уступает место общему врагу. Когда из тени выходит Мехагодзилла — стальное воплощение человеческих амбиций, вышедшее из-под контроля, — едва живым гигантам приходится забыть о старых обидах. После короткой, но яростной командной работы по превращению робота в груду металлолома, каждый возвращается на свою территорию: ящер уходит в океан, а Конг — в бесконечные леса подземного мира.
